根瘤菌接种具有根瘤的大豆根系根瘤菌肥料一般都会采用拌种方法施用，拌种宜在室内或阴凉处进行，不要阳光直射。先将1份菌肥加0.5～1份清水或凉米汤调成浆糊状，然后加入种子搅拌，使每粒种子上都沾上菌剂，但不能损伤种皮，否则将造成烂种、缺苗。待稍晾干、爽手后即可播种，播完后立即盖土，切忌日光暴晒。已拌菌的种子最好在当天播完，超过48小时应重新拌种，已开封使用的菌剂也应在当天用完。种子拌菌后不能再拌杀虫剂等化学农药，如果种子需要消毒，应在菌剂接种前2～3天进行，防止农药将活菌杀死。每千克菌剂可拌大粒种子50～100千克，小粒种子30～50千克。根瘤菌肥最好施在富含有机质的土壤中，或与有机肥料配合施用，但不能与化肥混播。施化肥时，应将种子与化肥隔开，化肥要施在种子下4厘米处为好。氮肥不宜施用过多，但与磷、钾及微量元素肥料配合施用，则能促进根瘤菌肥活性，特别是在贫瘠的土壤上。大豆出苗后发现结瘤效果差时，可在幼苗附近浇泼对水的根瘤菌肥。
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